Directeur musical de l'Ensemble vocal LES DISCOURS et chef de chœur du Concert d'Astrée (direction Emmanuelle Haïm), Denis Comtet a été le chef du Chœur Philharmonique du Maroc (CPM) de 2016 à 2019. Il est par ailleurs invité chaque saison par le RIAS-Kammerchor de Berlin et le chœur de l'Opéra de Lyon, deux phalanges avec lesquelles il a noué une relation privilégiée depuis de nombreuses années.

Chef-associé du Chœur Accentus de 2000 à 2006, à l'invitation de Laurence Equilbey, il est ensuite invité par le Chœur de Radio France, le chœur Les Métaboles, le chœur de l'Opéra de Lyon, le chœur de l'Opéra du Rhin, le Chœur de Chambre de Namur, le Chœur National de Corée, le Chœur d'Etat de Lettonie, le chœur de la radio de Cologne (WDR), de Leipzig (MDR), d'Hambourg (NDR), de Stuttgart (SWR) ainsi que par le chœur de la radio de Berlin (Berliner Rundfunkchor).

Après avoir été nommé sur concours chef-assistant de l'Ensemble Intercontemporain en 2002, il dirige par la suite l'Orchestre des Laurétas du CNSM, l'Orchestre de l'Opéra de Rouen, le Darlington Festival Orchestra, le Philharmoniker-Staatsorchester Halle, l'Orchestre du Concer d'Astrée, l'Orchestre de la radio de Freiburg et de Baden-Baden, l'Orchestre Philharmonique du Maroc,  l'Orchestre National de Lille, l'Orchestre de Dijon-Bourgogne ainsi que l'ensemble baroque Hemiolia et l'Orchestre National de Lettonie.

Denis Comtet dirige au Théâtre des Champs-Elysées (Messe en ut de Mozart), à la Cité de la Musique (Lamentations de Lachenmann), à l'Opéra de Paris (Der Mond de Carl Orff à l'amphithéâtre de la Bastille), à l'Opéra de Lille (La petite renarde rusée de Janacek), Rouen (Pierre et le loup), Besançon, au Grand-Théâtre de Calais (Messie de Haendel), au Capitole de Toulouse (Aventures, nouvelles aventures de Ligeti), au Théâtre National de Rabat (Requiem de Mozart), au Grand Théâtre de Bordeaux, à l'Opéra de Dijon (création de l'Opéra de la lune de Brice Pauset) ainsi qu'au festival d'Epidaure en Grèce, en Allemagne au Festival de Schwetzingen, au Deutsche Oper am Rhein de Düsseldorf, au Festival de Halle ainsi qu'au Donaueschinger Musiktage.

Parmi ses prochains projets, il préparera le RIAS-Kammerchor pour l'enregistrement de la Missa Solemnis de Beethoven, dirigée par René Jacobs en 2019, et sera le chef de chœur de l'Opéra de Lyon pour la création de Shirine de Thierry Escaich en 2020.

Avec le Concert d'Astrée, le Requiem de Campra, en tournée européenne 2019, qui se produira notamment à la Philharmonie de Berlin.